提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
福建柘荣文化科技卫生“三下乡”:新春闹元宵 感受传统文化魅力******
(新春走基层)福建柘荣文化科技卫生“三下乡”:新春闹元宵 感受传统文化魅力
中新网宁德2月4日电 (周桂婷 魏慧玲)3日,走进福建省宁德市柘荣县富溪镇,一排排红灯笼、一张张喜庆的“福”字、一个个新春福文化景观小品,营造了浓厚的节日氛围和“福”文化氛围。
腰鼓秧歌表演。 魏慧玲 摄当天,由柘荣县委宣传部牵头,全县28家主联办单位联合组织的柘荣县2023年“福见柘荣 五福临门”柘荣县文化科技卫生“三下乡”暨新春闹元宵文化惠民活动在富溪镇举办。柘荣县委常委、宣传部部长林开锋将筹集的总价值33万元的资金、物资、项目经费的捐赠牌,颁发给富溪镇。
科普宣传服务。 魏慧玲 摄活动现场,柘荣县“小板凳+N”草根宣讲大联盟的宣讲员们用欢快活泼的快板表演将党的二十大精神传递到基层;来自司法、卫生、科技、消防、农业、金融等部门的专家和志愿者们为群众带来法律援助、医疗义诊、科普宣传、农技咨询等惠农服务活动。
柘荣布袋戏。 周桂婷 摄柘荣县官方表示,为进一步深化文化科技卫生“三下乡”活动全面推进乡村振兴战略、深入服务“三农”、丰富群众精神文化需求重要作用,“三下乡”服务活动还与传统元宵佳节相结合,以“福见柘荣 五福临门”为主题,举办精彩的文化惠民活动。
舞龙表演。 周桂婷 摄记者看到,舞龙舞狮在技艺高超的舞狮人手中演绎得惟妙惟肖;平安大鼓、川剧变脸、山哈畲歌对唱等民俗表演,让现场不时爆发出热烈的喝彩声;由秧歌腰鼓、鲤鱼灯、汉服等队伍组成的巡游灯会,大家或凝眸观看,或拿出手机拍照留影......
川剧变脸。 周桂婷 摄在富溪村文旅街区,丰富多彩的文化展演让新春的氛围愈加浓厚,古镇里上演的经典越剧、布袋戏、提线木偶,以及元宵必不可少的舞龙舞狮盛会,将活动的氛围推至高潮,处处洋溢着喜庆与欢乐。
柘荣县委常委、宣传部部长林开锋将捐赠牌交接给富溪镇。 周桂婷 摄“马上就是元宵节了,在古镇古街闹元宵,确实别有一番风味。”带着家人专程从周边县市前来参加活动的游客陆女士说。
柘荣提线木偶。 周桂婷 摄夜幕降临,富溪古街灯火如昼、人流如潮,精彩的传统文化表演,充满了浓厚的“福”文化和元宵节日氛围,也让群众在民风民俗中感受传统文化的魅力。
汉服秀。 魏慧玲 摄柘荣县官方表示,让“三下乡”常下乡、常在乡、常惠乡,充分发挥文化科技卫生“三下乡”活动的品牌效应和示范作用,面向农村基层、面向人民群众,送理论、送文明、送服务,助力乡村振兴,切实提升基层百姓的获得感、幸福感、安全感,为乡村振兴铸魂赋能。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |